পেঁপে অত্যন্ত পুষ্টিকর হলেও এর বীজ ও শেকড় গর্ভপাত ঘটাতে পারে। কাঁচাপেঁপে জরায়ু সংকুচিত করে ফেলে। পাকাপেঁপেতে এই ঝুঁকি কিছুটা কম। তবে গর্ভবতী মায়েদের পেঁপে এড়িয়ে চলাই ভালো।
পেঁপে অতিরিক্ত খেলে খাদ্যনালীর উপর ক্ষতিকর প্রভাব ফেলে। দিনে বেশি পেঁপে খাওয়া উচিত নয়। পেঁপে পাতায় থাকা ‘পাপাইন’ নামক উপাদান গর্ভের সন্তানের জন্য বিষাক্ত হতে পারে। সন্তান বুকের দুধ খাওয়ানোর বয়সে মায়ের পেঁপে খাওয়া ক্ষতিকর কি না তা নিশ্চিত নয়। তবে গর্ভাবস্থায় এবং সন্তান জন্মের কয়েক মাস পর্যন্ত পেঁপে এড়িয়ে চলা উচিত।
কাঁচাপেঁপের বোটা থেকে বের হওয়া সাদা তরল চামড়ায় অ্যালার্জির সৃষ্টি করতে পারে। পেঁপে রক্তে শর্করার পরিমাণ কমায়।
তাই যারা রক্তচাপ নিয়ন্ত্রণের ওষুধ খান তাদের জন্য পেঁপে বিপজ্জনক হতে পারে। পেঁপের বীজের নির্যাস পুরুষের প্রজনন ক্ষমতা কমাতে সক্ষম। বীর্জে শুক্রাণুর সংখ্যা কমাতে এবং শুক্রাণুর নড়াচড়ার ক্ষমতা কমার পেছনেও দায়ী হতে পারে পেঁপে। তাই পেঁপে বুঝে শুনে খাওয়া উচিত।